Dans un laboratoire, en pleine guerre froide, une femme de ménage muette tombe amoureuse d'une créature amphibie, sujette à des expériences scientifiques.
En pleine guerre froide, Elisa Esposito travaille comme femme de ménage dans un laboratoire secret où est retenue prisonnière une créature amphibie sur laquelle sont menées des expériences. Le scientifique Hoffstetler est fasciné par ce monstre tandis que son chef Strickland n'y voit qu'une aberration de la nature. Une relation étrange se noue entre Elisa, qui est muette, et ce mystérieux spécimen batracien. Ce qui commence par une relation d'amitié et d'empathie va tourner à l'aventure amoureuse. Avec l'aide de son voisin, Elisa décide de libérer la créature. Elle ignore l'ampleur des conséquences de cette évasion...
Guillermo del Toro, à l'apogée de son talent, signe un film fantastique récompensé par une pluie de prix, dont l'Oscar du Meilleur Film et celui du Meilleur Réalisateur.