Un homme doit empêcher des centaines de milliers d'êtres mystérieux d'accomplir leur funeste projet : exterminer la vie humaine de la surface de la Terre.
La guerre contre les machines s'est intensifiée. Une terrifiante nouvelle tombe : des milliers de sentinelles vont bientôt débarquer, chargées de détruire ce qui reste de vie sur Terre. Neo, l'Elu, a 72 heures pour empêcher cette catastrophe tout en venant en aide à Trinity, promise à un funeste sort...