Deux créatures préhistoriques géantes se battent en duel : Mega Shark, qui a survécu au combat contre l'Octopus, et le Crocosaurus, issu de la jungle africaine.
Dans les profondeurs de la jungle congolaise, des chercheurs de diamants sont interrompus dans leur mission par un crocodile géant. Cette créature hors norme sème la panique et menace le monde. Pendant ce temps, dans l'océan Atlantique, l'USS Gibson est attaqué par un requin immense. Capturé et emmené en Amérique, le Crocosaurus est attaqué par Mega Shark, sous les yeux des hommes, dont les tentatives de neutralisation restent vaines. Ces derniers doivent faire face à un rebondissement de taille et des réactions en chaîne. Mega Shark a déjà vaincu l'Octopus, survivra-t-il au Crocosaurus ?...