La bande de Scooby-Doo aide Madelyn, la soeur de Vera, qui étudie la prestidigitation à l'Académie Whirlen Merlin, où des phénomènes inexpliqués se produisent.
En rendant visite à Madelyn, la soeur de Vera, qui est inscrite dans une école de magie, le groupe d'amis tombe face à des ennemis redoutables : un gros bonnet, qui se gave de glaces, veut fermer l'école, une sorcière hurlante donne la chair de poule à tout le monde, et un animal mythologique, mi-dragon mi-lion, connu sous le nom de griffon, semble trop réel. Est-ce que Scooby-Doo, Sammy, Daphné, Fred et Vera peuvent apprendre assez de tours de magie pour découvrir les secrets qui sauveront l'école ?...