Au IVe siècle après J-C, à Alexandrie, une femme, astronome et philosophe de la cité, tente de sauvegarder la Grande Bibliothèque, menacée par les chrétiens.
Au IVe siècle après Jésus-Christ, l'Egypte est sous la domination de l'Empire romain. A Alexandrie, les chrétiens sont en colère. Hypathie, une brillante astronome et philosophe, s'est réfugiée dans la Grande Bibliothèque, dont le gardien n'est autre que Théon, son père. Elle tente de sauver le bâtiment, que les chrétiens, pleins de haine, menacent de détruire. Deux de ses disciples, Oreste et le jeune esclave Davus, qui se disputent son amour, sont tous deux à ses côtés. Mais Davus est déchiré entre ses sentiments et la perspective d'être affranchi s'il décide de rejoindre les chrétiens, qui deviennent de plus en plus puissants...
Le genre du péplum revisité par Amenábar, qui livre un nouveau chef-d'oeuvre après "Les Autres" et "Mar Adentro".