Rebecca doit en savoir plus sur Tommy Madsen, son grand-père énigmatique, détenu à Alcatraz. Emerson est également à sa recherche.
Rebecca doit en savoir plus sur Tommy Madsen, l'un des prisonniers les plus énigmatiques d'Alcatraz, mais qui est aussi son grand-père et celui qui, dans le présent, a tué son partenaire. Quant à Emerson, il veut retrouver Tommy Madsen car celui-ci est à la recherche d'une mystérieuse clé qui sert à ouvrir la porte blindée dissimulée sous le phare d'Alcatraz. Au même moment, un homme paniqué se présente dans un hôpital psychiatrique sous le nom de Joe Limerick, affirmant qu'il est parfaitement sain d'esprit mais qu'il veut être interné pour se protéger. En 1960, Limerick frissonne dans sa cellule. Son voisin s'appelle Tommy Madsen...