Afin d'attraper Khasinau, Sydney concocte un plan avec la CIA et Vaughn et accepte finalement de négocier avec un membre du réseau Rambaldi.
Sydney traverse une mauvaise passe. Elle se remet mal de la mort de Noah. Vaughn la réconforte en lui montrant tout le travail qu'elle a effectué jusque-là et cette intervention lui redonne de l'énergie. Grâce à l'aide de Vaughn, Sydney se lance dans une négociation secrète avec monsieur Sark, un membre du réseau Rambaldi. Elle pense enfin pouvoir attraper Khasinau. Mais un agent du SD-6 est envoyé pour empêcher la transaction. Pendant ce temps, le mystérieux «Gorge profonde» continue d'être en contact avec Will. Il l'incite fortement à poursuivre son enquête et au cours de la conversation, lui parle de Jack...