La CIA pense que Will a été découvert. Irina empêche Francine de tuer Will, mais soutient son plan pour le soustraire des sombres desseins de la CIA.
Francine fait part à Sark du point de vue de la CIA, qui pense que Will a été découvert. Irina, mise au courant par Sark, refuse de permettre à Francine de tuer Will. Elle soutient cependant son plan, afin de le sortir des griffes de la CIA. Sydney rejette l'idée que Will est un agent double et décide de tout faire pour démontrer son innocence. L'agence de renseignement a également localisé le docteur Hans Jurgen, le créateur du projet Hélix, pensant qu'il connaît l'identité de l'agent double. Dans une boîte de nuit berlinoise, Sydney retrouve le docteur tandis que Vaughn le photographie dans des circonstances compromettantes. Effrayé, l'homme de science jure qu'il n'est au courant de rien...