Sydney et Vaughn partent à la recherche de Sloane pour l'empêcher de réaliser l'arme dont Rambaldi a prédit qu'elle changerait le monde par sa puissance.
Irina tient sa promesse et envoie à Sydney l'ADN du double. Comme il ne correspond pas à celui prélevé sur Will, celui-ci est blanchi. Elle appelle ensuite Syd pour lui faire des révélations au sujet de Sloane, qui se cache à Stockholm. Bien qu'elle ne lui fasse pas confiance, Syd rencontre Sark, qui lui dit que Sloane se trouve plutôt à Mexico. Il semble croire qu'il a été choisi pour réaliser le travail de Rambaldi. Il a réussi à s'emparer de ses pièces, et l'arme qui devait changer le monde selon Rambaldi est en cours d'assemblage. Sark recontacte Syd et Vaughn depuis une cellule de la CIA, et leur livre la planque de Sloane...