Après une mission couronnée de succès, Sydney, toujours préoccupée par son amnésie, souhaite entamer une procédure expérimentale pour retrouver la mémoire.
Sydney parvient à intercepter l'appareil testant les failles de sécurité convoité par le Covenant, avant de tirer sur Allison. Pourtant, malgré ses blessures, celle-ci parvient à prendre la fuite lors de son transfert vers l'hôpital. Plus tard, Sydney rencontre le psychologue de la CIA. La jeune femme, qui souffre toujours d'amnésie, demande au spécialiste d'entamer une procédure expérimentale afin qu'elle retrouve la mémoire. Mais le psychologue tente de l'en dissuader, jugeant les risques trop importants. Sydney se voit confier une nouvelle mission : dérober une arme laser hautement destructrice...