Après avoir éliminé un diplomate russe, Sydney est démasquée. La NSC se lance à sa poursuite et finit par l'interpeller, avant de la jeter en prison.
La NSC vient de découvrir l'implication de Sydney dans l'assassinat du diplomate russe Lazarey. Elle ne tarde pas à réagir et enlève la jeune femme. Lindsey, qui a pris le contrôle de la CIA, a tout intérêt à ce que Sydney recouvre rapidement la mémoire. Aussi entreprend-il de lui faire subir une opération délicate. Il est, en effet, capital que la jeune femme puisse raconter les événements qui ont jalonné sa vie au cours des deux années qui viennent de s'écouler. Jack, Vaughn et Sloane s'allient pour établir un plan visant à lui éviter cette opération, qui pourrait détruire une partie de son cerveau...