La libération de Sydney s'avère nettement plus mouvementée que ce qui était prévu. En effet, durant la transaction, Lindsey est abattu, sur ordre de Sloane.
Au cours de la transaction précédant la libération de Sydney, un événement dramatique bouleverse le cours des choses. En effet, sur ordre de Sloane, c'est Lindsey lui-même qui est assassiné. Plus tard, la fiole trouvée par Sydney dans un hôtel de Varsovie s'avère contenir de l'ADN de Rambaldi. Elle est aussitôt récupérée par le Département des Recherches Spéciales de la CIA, qui s'apprête à entreprendre une série d'analyses plus poussées, afin qu'elles leur révèlent, dans les moindres détails, ce que contient précisément la substance. Peu de temps après, Sydney est kidnappée par Kendall, qui lui raconte les faits des deux dernières années de sa vie...