Après avoir appris la trahison de sa femme, Vaughn reçoit l'ordre de faire comme s'il n'en savait rien, afin d'obtenir le maximum d'informations sur le Covenant.
Après avoir découvert que Lauren, sa femme, travaillait pour le Covenant, Vaughn reçoit comme instruction de continuer à faire comme s'il ignorait tout. La CIA espère ainsi en apprendre un peu plus sur le Covenant et le Passager. D'autre part, Jack apprend à Sloane que son exécution aura lieu dans trois jours. En raison de la liaison entre Sloane et Irina, Jack refuse d'aider son ancien ami à prouver son innocence. Pendant ce temps, au Népal, Sark kidnappe Conrad, un moine et disciple de Rambaldi. Sydney est envoyée dans le désert de Thar avec Vaughn pour tenter d'arracher Conrad des griffes de Sark...