L'équipe du docteur Rosen doit choisir son camp après que le ministère de la Défense a été attaqué par le groupe terroriste «Red Flag».
L'équipe des Alphas est à la poursuite d'Isaac, le membre du «Red Flag» qui a tué des collaborateurs du programme. Isaac, quant à lui, pourchasse la fille du docteur Rosen, Dani. Plus tard, l'équipe de Lee Rosen doit choisir son camp après que le ministère de la Défense a été attaqué par le groupe terroriste...