Après avoir révélé au monde entier l'existence des Alphas, Lee Rosen reforme son équipe afin de sauver Gary et Bill, qui sont retenus en otages par Cornell.
Huit mois après avoir révélé au monde entier l'existence des Alphas, le docteur Rosen, pourtant envoyé derrière les barreaux par le gouvernement, se voit obligé de reformer son ancienne équipe. C'est pour lui le seul moyen de sauver la vie de deux des leurs, Gary et Bill, qui sont retenus en otages par Cornell. Mais son entreprise n'est pas aisée. Les Alphas, de leur côté, sauvent la fille de Rosen d'une tentative d'assassinat. Elle est porteuse d'un message crypté dérobé à Red Flag. Mais le docteur Rosen est persuadé qu'il s'agit d'une ruse, ce qui le pousse à agir avec une certaine précipitation...