Une fillette orpheline et pleine de vie voit son quotidien changer lorsqu'elle rencontre un homme d'affaires implacable, qui brigue la mairie de New York.
A New York, Annie est une jeune orpheline dynamique et débrouillarde qui a été confiée dès sa naissance à la sévère et mesquine miss Hannigan, après que ses parents l'ont abandonnée en promettant qu'ils reviendraient un jour la chercher. Mais la fillette voit sa vie bouleversée après sa rencontre avec Will Stacks, un homme d'affaires implacable et candidat au poste de maire de la ville, qui la sauve d'un accident. Alors que son geste héroïque accroît la popularité de Stacks, Grace, sa brillante attachée de presse, et Guy, son directeur de campagne, le poussent à s'intéresser à la fillette. Le politicien décide de prendre Annie sous son aile afin de séduire les électeurs…
Will Gluck revisite avec talent la comédie musicale de 1982, signée par John Huston, et inspirée de la bande dessinée de Harold Gray.