Dernier espoir de l'humanité, Kaibuki Akira et son unité sont chargés, avec l'aide d'«Aquarion», de protéger Tokyo contre les monstres appelés les MJBK.
Kaibuki Akira et son unité représentent le dernier espoir de l'humanité. Capables de piloter «Aquarion», ils sont chargés de protéger Tokyo dans laquelle des monstres appelés les MJBK influent négativement sur le monde réel.