Réduit à la taille d'une fourmi, Arthur, 10 ans, a découvert le monde minuscule des Minimoys, dans le jardin de sa grand-mère, où il passe toutes ses vacances.
Darkos et les Séides ont dérobé tous les oeufs des libellules. Ils s'en servent pour bombarder la Souche à travers la toile d'Arak. Presque tous les Minimoys finissent englués au sol, à la merci du retour de leurs ennemis. Arthur et ses amis doivent non seulement décoller les Minimoys, mais aussi parer la prochaine salve d'oeufs collants des Séides qui parachèverait la défaite des Minimoys...