Une princesse et un aventurier volent au secours de l'Atlantide menacée une seconde fois, non plus par les éléments naturels, mais par une bande de malfrats.
Cartographe et spécialiste en dialectes anciens, Milo Thatch travaille au Museum d'histoire naturelle de Washington. Comme jadis son grand-père, il souhaite découvrir l'Atlantide. Son rêve est exaucé le jour où un fantasque milliardaire finance une expédition de recherche de la légendaire cité perdue...