Tandis que Ted s'est réfugié au Canada, Tina essaie de maintenir l'entreprise à flot. Mais l'amour des bébés est en chute libre à cause de méchants adultes redevenus bébés.
Son identité d'homme d'affaires fugitif révélée, Boss Baby se cache au Canada, un pays sans loi. Mais il est forcé de revenir à l'action suite à une nouvelle crise avec Baby Love : plusieurs criminels ont copié la stratégie de fugitif de Boss, se transformant en bébés pour se cacher de la loi.