Depuis le départ de Dan, Shun a pris les rênes de l'équipe d'élite. Quand il décide de s'engager dans un combat royal dans le but de mettre fin au chaos, il est secouru par deux mystérieux combattants...
Après leurs succès retentissant dans les cours de récré, les Bakugan s'offrent une saison2 rebaptisée Armored Alliance. Cette rentrée sur Gulli, les compétiteurs de l'extrême sont de retour! Un jour, des cartes ont commencé à tomber du ciel et elles ont été ramassées par les enfants du monde entier. Ces cartes composées de différents personnages (Bakugan), environnements et pouvoirs sont liées à un monde alternatif appelé Vestroia. La série raconte les aventures de Dan et ses amis qui vont devoir apprendre à travailler avec leurs créatures et à les déployer au combat pour survivre aux forces qui cherchent à contrôler, asservir ou tout simplement détruire la race des Bakugan. Au fil de leur périple, ils découvrent que la terre a fusionné avec Vestroia, la planète des Bakugan...