Ben, âgé de 16 ans, poursuit sa carrière de héros avec l'Ultimatrix, une version améliorée de l'Omnitrix, qui lui permet de se transformer en Ultimate Alien.
Unice est envoyée sur Primus par Azmuth, pour faire des vérifications de l'ADN des différentes espèces inter-planétaires. Le courant ombilical révèle une malformation génétique des Arachnapreums. Inquiète, elle décide d'aller jeter un coup d'oeil sur Arachna pour s'assurer que tout va bien. Elle fait face, après que son vaisseau a explosé en plein vol, à une bien étrange population qui n'a rien d'amical...