Dix-huit mois après avoir été séparée lors d'une grave crise, toute l'équipe du FBI se reforme pour faire face à une nouvelle situation périlleuse.
Jane et Kurt ont quitté le FBI pour se marier et vivre au Colorado. Mais quand ils sont attaqués en pleine nuit, ils comprennent qu'un contra a été mis sur la tête de Jane via le dark web. Jane est obligée de fuir et de se couper du monde. Kurt la recherche durant 18 mois, mais en vain. DPatterson et Zapata sont alors enlevés. Dans l'appartement de Reade, on découvre une boîte à verrou biométrique, qui ne peut s'ouvrir que grâce à Jane. Kurt réussit enfin à localiser Jane : elle se trouve au Népal. Il part la retrouver et lui parler de cette mystérieuse boîte...