L'équipe se lance à la poursuite d'un groupe terroriste, qui tente d'obtenir une arme chimique. Weller s'inquiète pour la santé de sa fille.
Une jeune femme couverte de tatouages mais totalement amnésique est découverte dans un sac de voyage, au beau milieu de Time Square. Elle est prise en charge par le FBI, en particulier par l'agent Kurt Weller. Chacun de ses tatouages est en réalité un indice, qui renvoie à un crime que le FBI a intérêt à élucider au plus vite. Qui est la mystérieuse Jane Doe ? Que lui est-il arrivé ? Pourquoi est-elle liée à cette énigmatique chaîne de criminalité ?