Malgré les revers militaires de Napoléon en Egypte, les scientifiques français font des découvertes fondamentales : parmi elles, la pierre de Rosette.
Tandis que Bonaparte marche sur la Syrie, Villiers et Jollois s'extasient devant les merveilles de la Haute-Egypte. A Louxor, Karnak ou Assouan, les jeunes scientifiques dessinent et mesurent les vestiges. Mais alors que la présence française est plus que jamais menacée, une pièce exceptionnelle est exhumée lors de la remise en état du fort de Rosette : la célèbre pierre de granit qui permettra le déchiffrement des hiéroglyphes. Après la fuite de Bonaparte, le 23 août 1799, son successeur, Kléber, hérite d'une situation désastreuse. Il parvient à battre les Turcs à Héliopolis et à mater une révolte au Caire, mais son assassinat sonne le glas de l'expédition.