Bones est effondrée après l'annulation du mariage. Booth, ne pouvant pas lui avouer la vérité, est abattu. Ils doivent cependant résoudre un meurtre ensemble.
Booth est tourmenté par le chantage de Pelant. Celui-ci lui a en effet imposé de renoncer à son mariage avec Bones, lui interdisant d'évoquer les raisons de cette annulation avec la jeune femme. Si le policier n'obéit pas, le tueur exécutera cinq personnes innocentes. Ne sachant que faire, Booth cherche conseil auprès d'un ami, un ancien prêtre. De son côté, Bones se sent malheureuse et blessée. Elle est soutenue par toute l'équipe de l'institut. Le couple doit faire abstraction de ses sentiments réciproques lorsqu'il est amené à enquêter sur le meurtre d'un comptable du département d'Etat. L'homme a été retrouvé broyé dans le système d'air conditionné d'un hôtel...
Une neuvième saison plus rythmée marquée par un mariage et qui se termine sur un suspense haletant.