Tandis que Cesare sacrifie son fils nouveau-né pour obtenir la clémence de Dieu, Rodrigo Borgia soudoie tous les cardinaux et conclut un marché avec Sforza.
Les premiers tours de scrutin du conclave ne permettent de dégager aucune majorité. A Pise, Cesare décide de sacrifier son fils nouveau-né pour obtenir la clémence de Dieu afin que son père remporte l'élection. Rodrigo Borgia soudoie tous les cardinaux et conclut un marché avec Sforza, en lui promettant le poste d'archidiacre. Il finit par être élu pape sous le nom d'Alexandre VI. Lucrezia sort miraculeusement de sa fièvre délirante et fait le voeu de devenir nonne...