Le pape Alexandre VI instaure des réformes destinées à lutter contre la corruption. Alors que Juan est rappelé à Rome, Cesare doit rester à Spolète.
Rodrigo Borgia débute son règne de pape Alexandre VI par une série de réformes destinées à lutter contre la corruption qui sévit à Rome en général et plus particulièrement au Vatican. Malgré une promesse faite au cours du conclave, le nouveau Saint-Père continue de fréquenter Giulia. Alors que Juan est rappelé d'Espagne par son père, Cesare doit rester cantonné à Spolète, loin de Rome, ce qui le fait enrager. Les fiançailles de Lucrezia avec don Gaspar de Procida sont annulées. Elle doit maintenant épouser Giovanni Sforza, neveu du duc de Milan, le cardinal Ascanio Sforza, mais on ne la laisse pas consommer le mariage...