En comprenant le fonctionnement de l'horloge interne humaine, la chronobiologie pourrait contribuer à soigner des maladies, par le biais de la chronothérapie.
Nous dormons en moyenne trente minutes de moins qu'il y a vingt ans : les médecins ont établi des liens entre troubles du sommeil et certaines formes de dépression, de diabète et de démence sénile. Les généticiens ont découvert pour leur part des «gènes d'horloge» dans l'ADN. Corollaire médical de la chronobiologie, la chronothérapie se sert de ces connaissances pour traiter ou prévenir des maladies. Contre la polyarthrite rhumatoïde, les spécialistes ont ainsi développé un médicament «intelligent» qui libère son principe actif aux heures optimales. De leur côté, les équipes du CHU de Villejuif proposent aux patients souffrant de cancers des chimiothérapies en phase avec leur horloge biologique : ils obtiennent des résultats encourageants.