En 2017, alors que le Japon vit sous le joug de l'empire de Britannia, un étudiant décide de se révolter. Sa force : le "Geass", un pouvoir permettant de contrôler une personne.
Sept années ont passé depuis que le Japon est sorti vaincu de la guerre l'opposant à l'empire de Britannia, et est devenu une colonie nommée "Zone 11". Lelouch mène une vie oisive et fréquente l'académie Ashford, une école pour Britanniens. Il nourrit une haine farouche envers les nobles et ce bien qu'il soit lui-même britannien. Sa vie bascule du jour au lendemain lorsqu'il est mêlé malgré lui à une lutte entre la résistance et l'armée de Britannia...