Une agence secrète découvre que Jérémy est entré par effraction dans le système informatique. Intriguée, l'agence envoie deux hommes au collège Kadic.
Une agence secrète découvre que Jérémy est entré par effraction dans le système informatique. Intriguée, l'agence envoie deux hommes au collège Kadic pour enquêter. De fil en aiguille, les deux agents finissent par découvrir l'usine et le Supercalculateur. Dépassés par leur découverte, ils veulent éteindre la machine pour mieux pouvoir la disséquer. Dans le même temps, Xana lance une attaque sur Lyoko. Les héros vont devoir lutter sur tous les fronts : au laboratoire, pour éviter la fermeture du Supercalculateur, et sur Lyoko, pour contrer l'attaque de Xana...