Jérémie s'étant mis en tête d'entraîner les Lyoko-guerriers afin de lutter plus efficacement contre Xana, ceux-ci s'adressent à Jim, qui a fait l'armée.
Jérémie s'étant mis en tête d'entraîner les Lyoko-guerriers afin de lutter plus efficacement contre Xana, ceux-ci s'adressent à Jim, qui a été instructeur dans l'armée. Toute la bande participe donc à un stage "commando", qui fait vite comprendre aux apprentis Marines où se situent leurs limites. Durant ce stage, nos héros en apprennent également davantage sur le parcours de leur professeur de sport. Mais bientôt, Xana attaque. Tandis que Jérémie reste solidaire de "GI Jim" blessé, les Lyoko-guerriers sont obligés de mettre en application les méthodes de celui-ci afin de rejoindre l'usine...