Light Yagami est un brillant lycéen japonais qui vit au sein d'une famille aimante. Un jour, il trouve un Death Note qu'un dieu de la Mort en mal de distractions a laissé tomber dans le monde des humains. Light décide d'utiliser ce Death Note pour décimer les criminels, et devenir le dieu d'un monde qu'il va créer, où personne ne nuit à personne.
Suite à la mort de L et de Watari, l'équipe qui enquête sur Kira est obligée de quitter les locaux de L. Il est décidé que Light se fera passer pour eux en utilisant les mêmes voix truquées. Light loue un studio et demande à Misa de s'installer avec lui. Pendant ce temps, à l'orphelinat Wammy, fondé par Watari, Roger apprend à Near et Mello, deux enfants surdoués, la mort de L. Un bon de 5 ans en avant se fait et en 2012, Light devient le chef de la cellule d'enquête sur Kira.