Light Yagami est un brillant lycéen japonais qui vit au sein d'une famille aimante. Un jour, il trouve un Death Note qu'un dieu de la Mort en mal de distractions a laissé tomber dans le monde des humains. Light décide d'utiliser ce Death Note pour décimer les criminels, et devenir le dieu d'un monde qu'il va créer, où personne ne nuit à personne.
Aucun de Near ou de Mello n'a été choisi pour succéder à L. Near crée alors sa propre organisation, le SPK, afin de lutter contre Kira. Le directeur de la police Takamura est enlevé par un mystérieux groupe qui réclame le Death Note en échange de sa libération. Il se trouve que Mello est à la tête de ce groupe. Light qui est au courant de tout cela décide de tuer Takamura. Mello s'en prend alors à la sœur de Light, Sayu, et l'enlève à son tour...