Light Yagami est un brillant lycéen japonais qui vit au sein d'une famille aimante. Un jour, il trouve un Death Note qu'un dieu de la Mort en mal de distractions a laissé tomber dans le monde des humains. Light décide d'utiliser ce Death Note pour décimer les criminels, et devenir le dieu d'un monde qu'il va créer, où personne ne nuit à personne.
L'histoire sur la Wammy's House, fondée par Watari est dévoilée. Pendant ce temps, Shidoh retrouve Mello et son groupe et décide de leur montrer sa présence en leur faisant toucher le Death Note. L'équipe de Light veut absolument récupérer le Death Note et tuer Mello. Pour cela, Soichiro fait l'échange des yeux, et voit alors le vrai nom de Mello lors de l'attaque de son QG. Soichiro se fait tirer dessus et se retrouve sur un lit d'hôpital...