Imaginez un Sherlock Holmes moderne, âgé d'à peine 17 ans, vivant à la fin des années 1990! Comme si cela ne suffisait pas, imaginez en outre qu'il a l'apparence d'un petit garçon de 6 ans... Shinichi Kudô est élève de première au lycée Tivedétec. Pour avoir résolu plusieurs enquêtes difficiles, beaucoup le considèrent comme "l'aide la plus précieuse que la police pouvait espérer".
Kogorô a reçu une lettre d'un client l'invitant à venir à Nagano accompagné de trois compagnons. Cette personne espère que le célèbre détective saura résoudre le mystère qui entoure le suicide d'un de ses amis. Cherchant deux derniers membres à leur groupe, Kogorô et Conan se retrouvent dans le train en compagnie de Tôru Amuro et de M. Wakita qui se sont imposés lourdement. Notre quatuor inattendu se rend au point de rendez-vous indiqué dans la lettre : une église abandonnée en pleine montagne.