Grand joueur de football et aide précieuse de la police, Conan se retrouve dans un corps d'enfant quand des hommes en noir lui injectent un mystérieux poison.
Shinichi Kudo, 17 ans, est un jeune footballeur très doué et un précieux renfort de la police japonaise. Lors d'une enquête sur un trafic d'armes, le jeune détective surprend des hommes en noir qui l'assomment et lui administrent un poison expérimental. Shinichi Kudo se réveille rajeuni de dix ans. Afin de trouver l'antidote, il prend la fausse identité de Conan Edogawa, suit son père, un piètre détective, et résout à sa place des affaires complexes, grâce aux gadgets du professeur Agasa, le seul à connaître la double identité de Conan.