Dans un futur proche, Hiro Amanokawa fait la rencontre d'un Digimon, un être étrange et invisible aux yeux des personnes normales.
Après la visite d'un sanctuaire à Kyoto, Kiyoshirô voit un étrange personnage lui apparaître chaque nuit : ce dernier cherche à tester ses connaissances. Très vite, le chef du dortoir semble souffrir d'amnésie...