Jesse Keys et Jacob Clarke sont morts, et les extraterrestres s'intéressent maintenant à leurs enfants. Le gouvernement est également sur l'affaire.
1983. Après la mort de Jesse Keys et Jacob Clarke, les aliens commencent à s'intéresser à leurs enfants, Charlie et Lisa. Celle-ci a de la chance : elle est protégée par les extraterrestres, alors que Charlie devient un objet d'étude pour les créatures venues de l'espace qui l'observent avec attention. Les projets sur les ovnis d'Eric Crawford, qui avaient été abandonnés, sont à nouveau d'actualité, grâce à l'aide providentielle du docteur Chet Wakeman et de Mary, la fille d'Eric. Bientôt, l'univers de Charlie et Lisa et celui du gouvernement fédéral entrent en conflit, risquant de dévoiler au reste du monde l'existence des aliens...