Les Etats-Unis pendant les années 80. Un adolescent fait d'étranges rêves prémonitoires tandis qu'un réacteur d'avion pulvérise sa chambre à coucher.
Donnie Darko n'est pas vraiment un adolescent comme les autres. Le 2 octobre 1988, en pleine nuit, il fait un rêve : Frank, un personnage vêtu d'un costume de lapin de carnaval, lui annonce que la fin du monde interviendra dans 28 jours. Donnie se réveille en plein milieu d'un terrain de golf...