Plusieurs milliers d'années après un mystérieux phénomène qui a transformé toute l'humanité en pierre, Senku, un lycéen extrêmement intelligent, se réveille.
Un jour, une étrange lumière éclaira la Terre réduisant tous les humains à l'état de pierre. Près de 3000 ans plus tard, Taiju parvient à s'échapper de son enveloppe de pierre pour découvrir un monde dans lequel la nature a repris ses droits. Avec son ami Senkuu, ils décident de tout mettre en oeuvre pour bâtir une nouvelle civilisation.