Un cavalier errant parcourt le désert et massacre les criminels. Jusqu'au jour où une femme l'invite à un défi bien plus important et bien plus dangereux.
El Topo chevauche dans le désert avec pour seul compagnon son jeune fils. Déterminé à venger un village dont tous les habitants ont été massacrés, il retrouve la trace des criminels et les châtie. Abandonnant son fils, il s'enfuit avec Mara, la femme du chef des bandits, qui lui impose une nouvelle mission...