Cela fait trois mois que Tom est parti à bord du vaisseau extraterrestre. Hal et Ben cherchent toujours leur père tandis que Weaver gère la résistance.
Tom est parti depuis trois mois à bord du vaisseau extraterrestre. Hal et Ben, devenus des combattants aguerris, continuent de venir en aide à ceux qui ont souffert des combats. Mais ils ne pensent en réalité qu'à une chose : retrouver leur père. Le capitaine Weaver essaie tant bien que mal de coordonner les opérations de la résistance. Pendant ce temps, Matt tente de trouver sa place dans ce monde bouleversé. De son côté, Anne se montre progressivement plus maternelle avec les fils Mason...