La mystérieuse machine est déclenchée à distance par Walter Bishop : les deux univers commencent à interagir et Olivia doit impérativement trouver Sam Weiss.
Dans l'univers alternatif, le secrétaire à la Défense Walter Bishop déclenche à distance la mystérieuse machine qui se trouve dans l'univers réel. Là, des événements inexpliqués se produisent. Olivia, Peter et Walter engagent une course contre la montre pour tenter d'arrêter le phénomène. Nina Sharp révèle à Olivia que Sam Weiss détient des informations capitales sur les enjeux des deux univers. De son côté, Peter est persuadé qu'il peut contrôler la machine alors que Walter se désespère car il se sent responsable du chaos à venir...