Olivia Dunham rencontre l'agent Lincoln Lee. Ensemble, ils enquêtent sur un homme à l'apparence translucide, qui agresse et tue des passants.
La section spéciale poursuit ses enquêtes, mais sans Peter, qui, après avoir créé un pont entre les deux univers, n'est pas censé exister dans cette version du monde. Pourtant, son image ressurgit par moments et apparaît à Walter. Décembre charge Septembre de s'assurer que les dernières traces de Peter sont effacées à tout jamais. Olivia enquête sur plusieurs meurtres qui ont été commis, a priori, par le même tueur. Lincoln, dont le coéquipier a été victime de l'assassin, rencontre ainsi Olivia et toute l'équipe, et réussit à s'immiscer dans les investigations. Les deux divisions sont amenées à travailler ensemble...