Une créature maléfique se nourrit de la haine d'une petite fille pour gagner en force. Heureusement, la tortue géante Gamera intervient pour sauver Tokyo.
Trois ans ont passé depuis l'attaque de la Légion. Ayana, une jeune écolière, découvre un oeuf caché au fin fond d'une caverne. La petite fille ne sait pas qu'il contient une créature maléfique qui, une fois née, se nourrira de la haine qu'Ayana éprouve pour le monstre Gamera, qui a tué ses parents...