Godzilla s'échappe de sa prison volcanique et s'attaque à Biollante, une plante monstrueuse issue du croisement de l'ADN d'une rose avec celui de Godzilla.
Un scientifique croise l'ADN de sa défunte épouse avec ceux d'une rose qu'elle aimait tant et du monstre Godzilla. Le résultat, Biollante, une plante gigantesque, surgit du fond de l'océan au large du Japon. C'est le moment que choisit Godzilla pour s'échapper de sa prison volcanique et attaquer Biollante...