Alan se réveille avec pour souvenir d'avoir emmené Sarah dans une pièce où de sanglantes opérations ont été conduites. Michael apprend qu'Amy porte ses enfants.
Sur l'île, les choses vont de mal en pis. A son réveil, Alan ne parvient à rassembler que des souvenirs plutôt flous. Il se rappelle simplement avoir emmené Sarah dans une pièce où de sanglantes opérations ont été conduites. De son côté, Michael apprend qu'Amy porte ses enfants et commence à perdre le contrôle de ses disciples. Cependant, Julia découvre l'existence de l'île et décide de s'y rendre...