Gon, un jeune garçon aux facultés exceptionnelles, passe l'examen pour devenir un Hunter, l'élite des aventuriers. Il espère ainsi pouvoir retrouver son père, Jin.
Gon et Kirua ont réussi à rester dans le monde de Greed Island. Continuant leur recherche sur Jin, ils n'ont trouvé qu'un message du père de Gon qui lui souhaite de bien profiter du jeu. Leur premier objectif est de trouver une ville et collecter des informations...