Barnal est persuadé que David et son fils, Samuel, sont coupables de l'assassinat de l'abbé de Carpentras. Il est sur le point de soumettre David à la torture.
Le pape d'Avignon, Clément VII en personne, ordonne à Barnal, son Grand Inquisiteur, de relâcher David et son fils Samuel. Ce dernier, un médecin juif idéaliste, résiste au religieux en soutenant que la peste, qui ravage actuellement l'Europe, n'est pas une punition divine et qu'elle peut être combattue. Barnal est, en outre, persuadé que seuls des juifs peuvent être à l'origine de l'assassinat de l'abbé de Carpentras. L'évêque Laplotte disparait à son tour. Alors que Barnal s'apprête à soumettre David à la torture pour lui faire avouer ses crimes, celui-ci déclare qu'il est prêt à lui révéler un secret...